Askeri cuntanın şefi Ziya Ül Hak’ın 1988’de ölümünden sonra Pakistan’da 1977 yılından beri ilk kez serbest seçimler yapıldı.
19 Kasım 1988 tarihindeki bu seçimleri kazanan Butto, ilk kez bir müslüman ülkenin kadın başbakanı oldu. 2 Aralık’ta başbakan olarak göreve başladı.
Yoğun yolsuzluk suçlamaları altında kalan hükümet 20 ay kadar sonra, askeri güçlerin desteğindeki devlet başkanı Gulam Ishak Han tarafından, yeni seçimlere gidileceği gerekçesiyle devrildi. Ancak Butto aleyhindeki suçlamalar yargıya yansımadı.
Yeni hükümeti Navaz Şerif kurdu. 1993 yılında Butto yeniden seçildiyse de, 3 yıl sonra hükümet yine yolsuzluk suçlamaları altında, devlet başkanı Faruk Leghari tarafından düşürüldü. Yüksek mahkeme de devlet başkanının kararını onayladı. Ancak Butto ve eşi Zardari hakkındaki suçlamaların doğruluğu kesinleşmedi.
1999 yılında, Pervez Müşerref’in liderliğinde gerçekleşen askeri darbe sonrasında Pakistan’ı terk etmek zorunda kaldı. Birleşik Arap Emirlikleri’nin Dubai kentine yerleşti.
2002 yılında Pervez Müşerref pratikte Butto’yu hedef alarak başbakanların en fazla iki dönem görev yapabilecekleri yolunda bir anayasa değişikliği yaptı.
2007 yılında Butto’nun yeniden başbakan olma olasılığı doğdu. Ocak 2008’de yapılacak olan başbakanlık seçimlerine katılma olasılığı doğan Butto seçim çalışmalarına katılmak üzere Pakistan’a dönüş kararı aldı.
Butto’ya karşı, El Kaide örgütünün saldırı tehdidinde bulunması üzerine, Müşerref, Butto’nun dönüşünü ertelemesini ve yüksek mahkemenin kendisiyle ilgili af istemine ilişkin kararını beklemesini istedi.
Bu isteğe uymayan Benazir Butto, 18 Ekim 2007 gecesi, 8 yıllık sürgünden sonra Pakistan’a geri döndü. Ancak yandaşlarının sevgi gösterileriyle karşılanan Butto aynı gün bombalı bir suikast girişimine hedef oldu.
Karaçi kenti yakınlarında gerçekleşen ve Benazir Butto’nun yara almadan kurtulduğu bu saldırıda yaklaşık 140 kişi yaşamını yitirdi, 248 kişi de yaralandı.
Benazir Butto, 27 Aralık 2007’de Ravalpindi’de yapılan bombalı saldırıda yaşamını yitirdi.